在网络基础设施、打印服务器、文档服务器、网络服务器以及安全应用等企业常见的任务中，除了网络服务器外， Windows的总体成本均低于Linux，且相当可观：5年内降低11％～22%。很多企业在进行IT投资时，“更考虑首次采购成本而非总体拥有成本”。潘迪认为，对用户而言，IT投入不应该只是关注首次采购成本。IT的总体拥有成本不仅包括首次采购和执行成本，同时也包括IT部门工作人员的成本，以及在未来使用这个产品的时间内需要的所有其他成本。安全性：除了首次采购成本低，Linux 的“可靠的安全性”一直是个卖点。与Windows相比，Linux似乎很少发布什么补丁，受到攻击的事件也很少，在现在这种病毒肆虐、攻击不断的信息社会，似乎给人们提供了更好的选择。
可是，业界人士认为，Linux的用户基数小，在攻击上被黑客忽略。随着市场的占有率越来越大，安全性将日益受到威胁。据说，伦敦安全机构Mi2g曾发布了一篇报告：Linux操作系统的记录最差。根据安全性，排名在前的是Mac OS X和BSD Unix，Windows排在第三位。这篇报告对2003年11月到2004年10月全球发生在永久连接的计算机上的235907起入侵事件进行了分析。其中65.64%的入侵事件是针对 Linux的。Windows计算机占所有记录到的入侵事件的25.19%，而基于Mac OS X或BSD的计算机仅占4.82%。Forrester则对Windows和Linux产品销售商在响应安全漏洞的措施与能力、安全漏洞的严重性以及在漏洞修补的彻底性进行了分析。 Forrester称：平均来说，在响应速度上， Microsoft 会在安全问题公开暴露之后的 25 天之内推出修补程序，Linux则是57天，最差的Linux公司高达82天。此外，Microsoft也是惟一能100%修补已公开漏洞的厂商。
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兼容性：从用户反映的情况来看，Linux的兼容性问题比较棘手。例如，它与Windows应用软件的兼容问题。不少用户在苦于寻觅能够基于不同操作系统的应用软件，甚至是可以在Linux上跑的最常用的Office系统。除了和其他操作系统之间的不兼容问题，Linux自身特点也在一定程度上造成了兼容问题。因为Linux社区不断更新内核版本，基于不同版本内核编写的应用软件在实际应用中就会出现需要拓展或者编译的问题。“Linux不如Windows，能保证所有的应用软件都可以通用，不同厂商、品牌之间的产品也面临着兼容性的问题。Linux很难快速解决兼容性问题，因为Linux推出的大量产品，并不是没有一个业界公认的标准。涉及到实际的应用，在“习惯”强大的力量下，用户更多倾向了 Windows。要知道，客户肯定更喜欢使用简单、易用、美观的软件。在大量应用软件已然建立在 Windows平台上后，微软成功解决了兼容性问题，也凭此不断开疆括土，在桌面系统称为霸主。所以，当Linux最为一个操作系统出现的时候，必然要求其配套的应用软件同步跟上，才能保证用户使用的流畅性。但是，在实际应用里，Linux的表现并不如人意。弱肉强食：“开放源代码”是继1995年网景浏览器之后，微软遭遇的最大挑战。不同的是，“开放源代码”运动获得了技术巨人英特尔、惠普、戴尔等的支持，业界已经认同 Linux是一个主流平台。再服务器领域，Linux也从最初的边缘应用开始逐渐往核心应用上靠拢。但很多电信和金融系统的用户，大都是在业务中的某一个部分使用了Linux，既没有在服务器端完全替代Unix和Windows，也很少在桌面上单独使用Linux。
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大部分Linux都应用在了服务器端，特别是需要处理大量数据的非关键业务系统上。相比Windows过于庞大，资源、CPU利用率、内存占用率和进程消耗都太高的情况来说，Linux还有一定的优势。但是，与刚刚兴起时相比，Linux世界的创新速度似乎有所下降，这是因为IT业的传统巨头纷纷加入战局，Linux在获得更强大发展动力的同时，免费与自由的优势正在减弱。自从IBM、惠普、戴尔和甲骨文公司投身发展Linux以来，小公司的日子越来越难过。同时， Linux目前尚不具备整合资源优势。到目前为止，仍支持“开放源代码”原则，并且能够保持赢利的纯粹Linux公司只有Red Hat。以上诸多因素阻碍着中国Linux市场的发展，同时，Linux人才缺乏，用户对Linux的认可和信任仍然不足等，也是制约其发展的瓶颈。
用户是衡量的标准
由于政府采购、大型银行SCO Unix的替换，以及电信，网吧等一些行业项目的涌现，无论对Linux还是Windows来说，巨大的市场空间，都值得为之一搏。将用户利益放在第一位，依然是Linux和Windows发展中最重要的问题。面对Linux，用户的选择也日趋理性。据业内人士介绍，现在越来越多的用户在选择Linux 之时都会提出：“你有没有产品路线图？你的下一个版本如何？何时会发布？” 也许企业用户不像政府考虑得那么复杂，也不会轻易相信商家的宣传，但他们要的是对自己最实用的、TCO最低的、安全可靠的、易用的产品，符合这些条件，他们就会青睐。否则，他们就不买单。 字串7
从调查中不难发现，Linux的应用目前主要还是在服务器端，Linux的优势在于处理海量数据的能力；那么与高端的Unix相比，Linux的低价优势就凸显出来了。有人用“比Unix便宜，比Windows快、稳定”来概括Linux的特点。但也有很多用户透露，Linux在实际应用中感觉并不完全尽如人意，特别是在、稳定性、兼容性和易操作性方面表现不佳。尤其在桌面系统上，由于兼容性不好、应用技术的匮乏和使用人员的不习惯，很多人用“不爽“两字来形容。
例如，Linux虽然支持中文，但是对于中文环境的支持却不是很好，用官方的安装光盘安装完毕之后虽然是中文界面，但却没有中文输入法，而且中文字体不全，连Google中文的首页界面都无法正常显示。而要用户自己安装字体则需要修改许多配置。这些本该处理得很好的应用，却成为了用户的绊脚石。可见，中文问题是困扰计算机普及的问题。但为什么微软做得好？这并不是Linux技术力量不够？Linux是社区中生长起来的，不是一个公司，也多过传统意义上的软件产品，它是一种社会现象。再加上各国的力量不均衡，也难形成合力。而Windows是一个公司行为，作为商业软件公司，微软要最大限度地追求客户满意度，这样才能获得源源不断的钞票。中国市场的巨大潜力，是微软投入人力物力的最大的动力。 字串3
甚至有人骂：“现在很多Linuxer对Linux发展推广起了很大阻碍作用，他们自以为是，以花样、新奇的OS为荣。这样无形将使用Linux的要求拔高，卖弄自己的技术的同时，也排斥了大量的普通用户。” 于是，人们不得不承认Windows是至今最成功的OS，尽管收费，而且价格不菲。一个好的操作系统，就应该让人忘了它存在，去做该做的事情。为什么开源的比不过收费的？凡事要从用户的角度出发，而不是从程序员的角度出发。因为程序是给普通用户用的，而如果假设每个普通用户都达到了程序员水平，不符合大规模普及的市场规律。