伴随着商业软件“源代码”开放之势，商业软件还出现了一种向学校、科研机构乃至软件商无偿或有偿提供部分软件专利使用权的作法。
商业软件的“开放”趋势说到底是软件企业吸引用户，扩大市场份额寻求更高商业利益和竞争地位所采取的新的经营模式，从中我们可以清楚地看到市场的导向和市场经济规律的作用。这是市场竞争环境下，商业软件公司权衡利弊，作出的一种选择。当然对消费者来说，也是一个有利的结果。
(二)关于软件开发过程中的版权问题
开源软件和商业软件的区别还在于两者采用不同的开放模式，但由于开源软件和商业软件都是以版权法为法律基础，因此两者的开发过程都应遵循版权法的基本规则和法律的有关规定。
1、在市场经济中，产权明晰清楚是保证经济健康发展的基本条件之一
一个在正规的商业软件开发厂商，都要依据法律，采取一系列法律程序，权利转让许可措施以及知识产权管理制度，以确保其软件权属合法有效，规避侵权风险。
正规的软件公司会依照法律的规定，在公司内部建立严格的知识产权管理制度，与雇员签订合同明确规定，雇员在公司工作期间所开发的软件的版权及相关权利属于公司所有。 字串1
软件公司如果需要委托他人(包括非公司雇员或其他开发企业)为其开发软件，将明确界定该软件的版权及相关权利的归属。
在直接使用或者以他人软件为基础进一步开发的软件产品情况中，软件开发商往往事先取得合法授权，或者干脆买断版权。
正因为开发过程中一系列法律程序和措施的保障，商业软件开发商才得以在其推向市场的软件产品的许可证中宣称对该软件依法享有版权并对此负责。
2、开源软件开放过程中需要解决的版权归属问题
开源软件的开发是一个长期积累过程，通常是由一群彼此之间没有正式联系的人共同开发的，每个人都为最终的软件做一部分贡献。这种特定的开发模式，加上较少的法律程序、措施和制度的保证，很容易产生开源软件的权利归属十分复杂和混乱的局面。按照版权法的规定，开源软件这类由众多开发者共同开发的软件作品属于合作作品。
按照GPL等许可证协议开发的开源软件，除了开始的许可证的颁发者(或原始开发者)以外，其他后续参与开发的人员，只是一个被许可者，以及下一轮许可者，无论其开发的贡献有多大，都不是真正意义上的版权所有者，即不能对其开发部分，更不能对该软件整体充分行使版权。
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从另一个角度来分析，开源软件又可归属于版权法中的演绎作品。但是在GPL等开源软件许可证的约束下，开源软件的众多演绎作品的开发者除了可以在其演绎作品上表明身份之外，没有了任何支配权。从这个意义上来说，除了开源软件初始许可证颁发者之外，任何其他参与开源软件开发的人都不是真正意义下版权所有者。
如果原始许可证颁布者单方面撤销或者修改许可证，那么后续的开发者，无论是作为共同开发者也好，还是作为演绎作品的作者也好，将处于十分尴尬的地位。
3、开源软件特定的开发模式容易产生版权诉讼的“陷阱”
开源软件开发的参与者众多，但没有严格的检验，也没有人为此提供担保。
2003年，在美国发生的SCO VS IBM案引起了开源软件支持者的强烈不满，恰恰说明其对Linux乃至整个开源软件运动产生十分重大的影响：一旦SCO指控IBM的违约事实成立，IBM对开源软件组织所做的代码贡献就失去了法律基础。Linux系统核心部分的合法性将丧失。将直接波及全球的Linux用户。
(三)软件专利——难以回避的问题
当前在实行版权保护的同时，专利已经成为一个新的软件保护的重要途径。软件专利已成为商业软件和开源软件都难以回避的问题。
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专利法对于软件的保护力度大于版权法，它保护的是体现其发明创新的技术方案。因此其他人只要沿用其技术方案，即使完全重新编码也不允许。因此，专利保护能更强有力地促进软件技术的创新。但是作为一个“双刃剑”，从另一个方面，它对后继的软件的开发者的限制也更大，后继者或竞争对手试图避开专利开发同类软件的难度明显提高。近年来，国内外涉及软件专利纠纷的案子不断发生。GPS、RPFID、多媒体、操作系统、浏览器、杀毒软件、电子商务等各个领域都已经爆发软件专利诉讼，Oracle、SAP、SUN、Microsoft、Adobe、Macromedia、英特尔、Kodak、HP等公司都先后卷入软件专利诉讼。
开源软件一开始对专利是采取完全排斥和抵制态度的。Richard的GNU计划书还专门提到了这一点，他认为“自由软件面对的最大威胁就是软件专利”。然而，“树欲静而风不止。”当一个不受GPL约束的第三人拥有某项软件专利，而开源软件的原始开发者或后续的修改这在程序或其他衍生作品上一旦使用了这项技术，将不可避免地面临专利侵权的风险。
美国开放源码风险管理公司(OSRM)2004年8月初公布的调查结果表明，可以Linux为对象引发专利侵权纠纷的美国专利共有283件，这些专利中IBM有60件，HP20件，红帽(Red Hat)公司等部分专利持有人已向Linux阵营授权。其他专利持有人也有表示不提出专利要求的，但由于美国的专利保护期长达17年，一旦时机成熟或者出于某种需要，只要任何一家或二家专利权人对Linux启动多涉及的核心专利侵权诉讼，Linux大批开发尚、经销商将会受到重创，缺乏专利筹码的Linux面临着难以回避的专利风险。 字串3
开源软件的源代码开放状态，使得开源软件比封闭源代码的软件更容易招至软件专利的侵权诉讼。对此，开元软件界也开始利用专利制度来应付。主要的办法有：1)鼓励主动申请软件专利后在开源软件许可证下发布，即申请专利做防御；2)尽早将软件开发的发明思路在公共论坛发表；3)在技术上使软件结构易剔出侵权代码；4)出现软件专利侵权诉讼时，开源社区一起提供能有效推翻其专利权的证据等。
(四)关于“开放标准”问题
在当今IT市场高度竞争和IT技术广泛应用的环境下，对于不同系统及部件之间的实现互操作性已经成为业界和用户迫切希望解决的问题。在信息技术领域内，互操作性主要被理解为使用不同的相异的IT产品和服务可交换和使用数据及信息，从而在信息系统和网路中共同发挥作用的一种能力。解决互操作性有很多种方式，而最重要的办法之一就是提供技术标准。特别是“开放标准”。